COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-03 17:00:00 14.196680 14.196680 14.610536
2021-02-02 17:00:00 12.845745 12.845745 14.636488
2021-02-01 17:00:00 16.227118 16.227118 14.785349
2021-01-31 17:00:00 13.790906 13.790906 14.860239
2021-01-30 17:00:00 14.226573 14.226573 14.931109
2021-01-29 17:00:00 16.722515 16.722515 15.055078
2021-01-28 17:00:00 14.854013 14.854013 15.109080

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-03 17:00:00 15.057009 15.057009 10.809367
2021-02-02 17:00:00 6.683641 6.683641 10.328726
2021-02-01 17:00:00 2.105401 5.111923 9.628897
2021-01-31 17:00:00 4.321187 12.733608 8.816190
2021-01-30 17:00:00 12.195122 12.195122 8.199264
2021-01-29 17:00:00 16.333333 16.333333 7.712960
2021-01-28 17:00:00 9.763206 9.763206 7.050277

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-03 17:00:00 18.528610 18.528610 16.047574
2021-02-02 17:00:00 10.658915 16.176471 16.132700
2021-02-01 17:00:00 9.219858 17.043741 16.663429
2021-01-31 17:00:00 9.698997 9.698997 16.844687
2021-01-30 17:00:00 17.994859 17.994859 17.075972
2021-01-29 17:00:00 8.211679 13.392857 17.188856
2021-01-28 17:00:00 13.548387 13.548387 17.526991

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-03 17:00:00 10.868079 10.868079 9.130745
2021-02-02 17:00:00 6.680080 6.680080 9.308908
2021-02-01 17:00:00 10.322922 10.322922 9.337875
2021-01-31 17:00:00 7.327259 7.327259 9.471973
2021-01-30 17:00:00 7.442937 7.442937 9.539724
2021-01-29 17:00:00 12.383749 12.383749 9.794201
2021-01-28 17:00:00 10.697839 10.697839 9.953523

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-03 17:00:00 13.686083 13.686083 13.912140
2021-02-02 17:00:00 12.332260 12.332260 14.110065
2021-02-01 17:00:00 28.761574 28.761574 14.256952
2021-01-31 17:00:00 11.434868 11.434868 13.979150
2021-01-30 17:00:00 13.702478 13.702478 13.702450
2021-01-29 17:00:00 19.174282 19.174282 13.845712
2021-01-28 17:00:00 10.939843 10.939843 13.594324

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-03 17:00:00 24.202497 24.202497 27.919231
2021-02-02 17:00:00 17.124489 17.124489 28.294829
2021-02-01 17:00:00 42.985685 42.985685 28.867248
2021-01-31 17:00:00 36.716504 36.716504 28.712973
2021-01-30 17:00:00 28.777924 28.777924 29.047484
2021-01-29 17:00:00 30.555556 30.555556 29.346900
2021-01-28 17:00:00 17.187500 30.086812 29.462376

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-03 17:00:00 17.974026 17.974026 19.317983
2021-02-02 17:00:00 19.282511 19.282511 19.067599
2021-02-01 17:00:00 17.622951 17.622951 19.087177
2021-01-31 17:00:00 21.926910 21.926910 19.182470
2021-01-30 17:00:00 17.697228 17.697228 19.037025
2021-01-29 17:00:00 19.985648 19.985648 18.205111
2021-01-28 17:00:00 24.053953 24.053953 18.095887

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-03 17:00:00 6.423841 6.423841 6.104389
2021-02-02 17:00:00 5.865961 5.865961 6.148583
2021-02-01 17:00:00 9.584280 4.405395 6.151220
2021-01-31 17:00:00 6.130144 6.130144 6.200924
2021-01-30 17:00:00 5.807011 5.807011 6.312609
2021-01-29 17:00:00 6.823128 6.823128 6.388677
2021-01-28 17:00:00 6.475927 6.475927 6.504773

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-03 17:00:00 15.061409 15.061409 12.622100
2021-02-02 17:00:00 14.432990 8.883912 12.201805
2021-02-01 17:00:00 20.580110 36.118785 11.911517
2021-01-31 17:00:00 16.821918 16.821918 11.865122
2021-01-30 17:00:00 9.518477 9.518477 11.747370
2021-01-29 17:00:00 11.699550 11.699550 11.622233
2021-01-28 17:00:00 12.674617 9.182283 11.423156

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-03 17:00:00 18.012229 18.012229 17.835216
2021-02-02 17:00:00 20.212766 10.425240 18.319913
2021-02-01 17:00:00 19.128456 19.128456 18.750595
2021-01-31 17:00:00 19.527431 19.527431 19.094340
2021-01-30 17:00:00 19.848321 19.848321 19.438143
2021-01-29 17:00:00 21.719250 21.719250 19.854540
2021-01-28 17:00:00 23.845731 14.991755 20.302763

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-03 17:00:00 13.429888 13.429888 11.602325
2021-02-02 17:00:00 8.653846 8.653846 11.709079
2021-02-01 17:00:00 19.129555 6.439523 11.791190
2021-01-31 17:00:00 14.416567 14.416567 12.155684
2021-01-30 17:00:00 13.221496 13.221496 12.103203
2021-01-29 17:00:00 11.845466 11.845466 12.058153
2021-01-28 17:00:00 15.148305 15.148305 12.035530

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-03 17:00:00 7.323944 9.974425 10.154240
2021-02-02 17:00:00 8.659218 9.987196 9.911915
2021-02-01 17:00:00 10.485437 10.485437 9.779932
2021-01-31 17:00:00 10.532276 10.532276 9.733941
2021-01-30 17:00:00 10.600255 10.600255 9.534854
2021-01-29 17:00:00 10.690122 10.690122 9.424224
2021-01-28 17:00:00 10.627401 10.627401 9.233981

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-03 17:00:00 71.055495 71.055495 72.513413
2021-02-02 17:00:00 94.526627 94.526627 73.049238
2021-02-01 17:00:00 27.622378 48.994755 73.262736
2021-01-31 17:00:00 33.865120 62.684564 72.533222
2021-01-30 17:00:00 85.906040 85.906040 72.599341
2021-01-29 17:00:00 94.551282 94.551282 73.318688
2021-01-28 17:00:00 78.382148 78.382148 73.296448

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-03 17:00:00 116.000000 116.000000 NaN
2021-02-02 17:00:00 44.215938 44.215938 NaN
2021-02-01 17:00:00 37.857143 37.857143 NaN
2021-01-31 17:00:00 45.454545 45.454545 NaN
2021-01-30 17:00:00 83.032491 83.032491 NaN
2021-01-29 17:00:00 131.196581 131.196581 NaN
2021-01-28 17:00:00 67.868852 67.868852 NaN

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-03 17:00:00 13.532716 13.532716 14.033820
2021-02-02 17:00:00 13.447003 13.447003 14.064657
2021-02-01 17:00:00 20.015576 9.613766 14.354220
2021-01-31 17:00:00 15.540150 15.540150 14.569970
2021-01-30 17:00:00 13.528098 13.528098 14.795738
2021-01-29 17:00:00 18.898899 18.898899 15.182045
2021-01-28 17:00:00 15.974729 15.974729 15.399688

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-03 17:00:00 24.432483 24.432483 27.732242
2021-02-02 17:00:00 16.507042 16.507042 27.155758
2021-02-01 17:00:00 16.652021 44.793497 27.775308
2021-01-31 17:00:00 99.165121 99.165121 28.619856
2021-01-30 17:00:00 21.332354 21.332354 28.849576
2021-01-29 17:00:00 21.548075 21.548075 29.013117
2021-01-28 17:00:00 30.588546 30.588546 29.481872

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-03 17:00:00 4.746100 4.746100 6.528516
2021-02-02 17:00:00 2.914614 2.914614 6.602688
2021-02-01 17:00:00 11.212397 4.611924 6.923144
2021-01-31 17:00:00 9.090909 9.090909 7.118070
2021-01-30 17:00:00 8.737123 8.737123 7.318927
2021-01-29 17:00:00 9.191702 9.191702 7.455640
2021-01-28 17:00:00 8.722856 8.722856 7.475761

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-03 17:00:00 14.198718 14.198718 14.993311
2021-02-02 17:00:00 16.359102 16.359102 15.099068
2021-02-01 17:00:00 17.847158 13.114193 15.230862
2021-01-31 17:00:00 14.464646 14.464646 15.292732
2021-01-30 17:00:00 15.528634 15.528634 15.568923
2021-01-29 17:00:00 16.520826 16.520826 15.971969
2021-01-28 17:00:00 15.159372 15.159372 16.361938

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-03 17:00:00 6.426405 7.845091 7.363198
2021-02-02 17:00:00 6.682298 6.682298 7.356490
2021-02-01 17:00:00 9.678256 5.368451 7.538159
2021-01-31 17:00:00 7.089241 7.089241 7.663469
2021-01-30 17:00:00 8.621676 8.621676 7.774581
2021-01-29 17:00:00 8.087134 8.087134 7.849713
2021-01-28 17:00:00 8.790586 8.790586 7.969730

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-03 17:00:00 30.171278 30.171278 22.086370
2021-02-02 17:00:00 19.957687 19.957687 21.982310
2021-02-01 17:00:00 74.093264 10.116732 22.093970
2021-01-31 17:00:00 23.728814 23.728814 22.170314
2021-01-30 17:00:00 15.713301 15.713301 22.529929
2021-01-29 17:00:00 23.775727 23.775727 22.857006
2021-01-28 17:00:00 29.496403 29.496403 23.029078

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-03 17:00:00 13.253012 13.253012 8.846864
2021-02-02 17:00:00 3.333333 3.333333 8.526558
2021-02-01 17:00:00 13.043478 3.468208 8.710054
2021-01-31 17:00:00 15.533981 15.533981 9.386084
2021-01-30 17:00:00 1.351351 1.351351 9.636332
2021-01-29 17:00:00 14.545455 14.545455 10.432482
2021-01-28 17:00:00 8.247423 8.247423 11.342765

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-03 17:00:00 21.764706 21.764706 24.636235
2021-02-02 17:00:00 26.158382 26.158382 24.972619
2021-02-01 17:00:00 33.574720 19.068985 24.866586
2021-01-31 17:00:00 21.573714 21.573714 25.643288
2021-01-30 17:00:00 25.941697 25.941697 26.353861
2021-01-29 17:00:00 37.826421 37.826421 27.276380
2021-01-28 17:00:00 20.837887 20.837887 27.932258

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 15.057009 15.057009 10.809367
Basilicata 18.528610 18.528610 16.047574
Calabria 10.868079 10.868079 9.130745
Campania 13.686083 13.686083 13.912140
Emilia-Romagna 24.202497 24.202497 27.919231
Friuli Venezia Giulia 17.974026 17.974026 19.317983
Lazio 6.423841 6.423841 6.104389
Liguria 15.061409 15.061409 12.622100
Lombardia 18.012229 18.012229 17.835216
Marche 13.429888 13.429888 11.602325
Molise 7.323944 9.974425 10.154240
P.A. Bolzano 71.055495 71.055495 72.513413
P.A. Trento 116.000000 116.000000 NaN
Piemonte 13.532716 13.532716 14.033820
Puglia 24.432483 24.432483 27.732242
Sardegna 4.746100 4.746100 6.528516
Sicilia 14.198718 14.198718 14.993311
Toscana 6.426405 7.845091 7.363198
Umbria 30.171278 30.171278 22.086370
Valle d'Aosta 13.253012 13.253012 8.846864
Veneto 21.764706 21.764706 24.636235

© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

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